एमालेको दोस्रो कार्यकारी पद हो महासचिव। जसमा केपी शर्मा ओलीले शंकर पोखरेललाई छानेका छन्। विष्णु पौडेल र पोखरेल दुवै महासचिवका दाबेदार थिए, दुवै ओलीका अति विश्वास पात्र पनि हुन्।
माओवादी केन्द्रसँगको एकतापछि बनेको नेकपाको शक्तिशाली महासचिव पौडेललाई बनाएका थिए। पार्टी एकतामा पौडेलले महत्वपूर्ण भूमिका खेलेका थिए। नवौं महाधिवेशनबाट उपमहासचिव निर्वाचित पौडेल ओलीका हरेक अप्ठ्यारोमा साथ दिने नेताका रूपमा चिनिन्थे। तर, अन्तिममा महासचिव भने पोखरेल बने।
पोखरेल नवौं महाधिवेशनमा सचिवमा पराजित भएका थिए। पोखरेल र पौडेल लुम्बिनी प्रदेशका हुन्। पौडेललाई संगठनमा प्रभाव भएको र जनाधार भएको नेताका रूपमा परिचित छन्। पोखरेल भने जनताको बहुदलीय जनवाद (जबज) का व्याख्याताका रूपमा चिनिन्छन्।
पोखरेल लुम्बिनी प्रदेशका पहिलो मुख्यमन्त्री बनेका थिए। २०१९ सालमा दाङको तुलसीपुरमा जन्मिएका पोखरेल युवा अवस्थादेखि नै राजनीतिमा सक्रिय थिए। उनी अखिल नेपाल राष्ट्रिय स्वतन्त्र विद्यार्थी युनियनका पूर्वअध्यक्ष पनि हुन्। पार्टीभित्र वैचारिक नेताको छवि बनाएका पोखरेल २०५१ सालको निर्वाचनमा तत्कालीन दाङ क्षेत्र नं २ बाट प्रतिनिधिसभा चुनाव जितेका थिए। त्यति बेला उनी ३२ वर्षका थिए। २०६६ सालमा माधवकुमार नेपालको मन्त्रिमण्डलमा सञ्चार मन्त्रालयको जिम्मेवारी सम्हालेका थिए। विद्यार्थी राजनीतिबाट पार्टी राजनीतिमा प्रवेश गरेका पोखरेल बौद्धिक नेताका रूपमा चिनिन्छन्। उनी त्रिभुवन विश्वविद्यालयको स्ववियु सभापतिसमेत भएका थिए।
मुख्यमन्त्री भएको बेला तत्कालीन नेकपामा विवाद हुँदा ओलीलाई सघाउन उनी संघीय राजधानी आइरहन्थे। महाधिवेशन छिन्तांगको सहिद स्मृति दिवसमा होस् वा नेपालगन्जको पार्टी प्रवेश कार्यक्रममा ओलीले पोखरेललाई लिएर गएका थिए। विधान महाधिवेशनमा समेत ओली पोखरेललाई राजनीतिक प्रतिवेदन वाचन गर्न लगाएका थिए। त्यस बेलादेखि नै ओलीले पोखरेललाई अघि बढाउने आंकलन गरिएको थियो।
७० वर्षे उमेर हदका कारण आगामी महाधिवेशनबाट धेरै नेताहरू बाहिरिँदैछन्। हालका महासचिवलाई ओलीको उत्तराधिकारीका रूपमा व्याख्या गर्न थालिएको छ।
